По местной традиции считается, что первая деревянная церковь, посвящённая двунадесятому празднику Богоявления (Крещения) Господня, была построена ещё в конце XI века на берегу реки Которосли у самой воды - там, где крестили язычников. Возможно, со времени христианизации города и края сохранялся на протяжении веков обычай устраивать в крещенские праздники близ Богоявленского храма Иордань - прорубь для освящения воды, где и в начале XX века проводилось главное городское богослужение. Заселение этих мест, у стен основанной в XIII веке зажиточной и влиятельной Спасской обители, тоже началось, как полагают исследователи, в ранний период истории Ярославля.

Первоначально на месте церкви располагались посадские дворы. В XVI веке это место отошло Спасскому монастырю. Он поставил здесь деревянный храм и конюшенный двор, а в XVII веке после "Смутного времени" поселил здесь слуг и зависимых людей. Так возникла Богоявленская слобода.

Первое письменное свидетельство о деревянной Богоявленской церкви, предшествовавшей существующему ныне каменному храму, содержится в грамоте Василия Ивановича Шуйского Спасо-Ярославскому монастырю от 1606 года, где говорится о том, что на пожалованных в августе 1511 года великим князем Василием III трёх, пустых после пожара, дворищах спасский архимандрит Иона с братиею "устроили Божие милосердие храм Богоявления Господа нашего Иисуса Христа". Время сооружения церкви Богоявления в грамоте не сообщается, но упомянутый в ней настоятель Иона управлял обителью с 1506 по 1539 год с небольшим перерывом, следовательно, храм был устроен не позднее последней даты.

В Писцовой книге Ярославля 1627-1629 годов значится: "Спасского ж монастыря слободка Богоявленская у монастыря за рвом, а в ней церковь Богоявления Господня древяна, строенье монастырских крестьян". Перепись 1647 года владений Спасского монастыря на посаде уточняет, что "в Богоявленской слободке" храм был тёплым и не имел приделов. Этот источник даёт и состав прихожан: "Богоявленского приходу от Михайловских ворот подле Спасского монастыря и проезду под горкою от прудов от реки Которосли против монастырской стены живут во дворишках торговые и ремесленные людишки".

Каменный храм построен в 1684-1693 годах на средства ярославского купца "гостинной сотни" Алексея Зубчанинова, потомка "закладчиков" Спасского монастыря.
Зубчанинов входил в привилегированную корпорацию торговых людей XVII века - гостиную сотню, в ярославских торговых рядах ему принадлежали 24 лавки. Возможно, поэтому он построил каменную богадельню у гостиного двора, которая по переписи 1717 года была первой в городе по числу призреваемых (76 человек). Нарядный резной золочёный иконостас в стиле украинского барокко относится к началу XVIII века.

Источник: 360yaroslavl.ru